Todo empieza en el año 2.552. La humanidad, en su intento desesperado por seguir existiendo, se ve obligada a buscar nuevas colonias en el universo debido a la superpoblación. Como no podía ser de otra manera, resulta que no estamos solos en el universo. Lo malo es que este magno descubrimiento se hace después de que una patrulla humana en una misión rutinaria de exploración se vea atacada y masacrada por La Alianza, un grupo de extraterrestres guiados por un culto fanático.
Este incidente marcará el destino de guerra entre los alienígenas y la humanidad. Existen diferentes actores en toda esta historia: los Forerunners, los Covenants y los Flood. Los Forerunners son los ancestros, una antigua raza con un alto nivel de tecnología responsable de auténticas maravillas, como los famosos Halo, planetas en forma de anillo que resultaron ser armas devastadoras. Los Foreruners desaparecieron por culpa de la plaga de los Flood, seres que sólo buscan destruir y propagarse mediante los cadáveres de otras formas de vida. El Covenant, valga la redundancia, es una alianza de diferentes razas inteligentes unidas por un culto fanático hacia los Forerunners, pues creen que sus creaciones tecnológicas son señales que fueron dejadas para ser interpretadas como un rompecabezas cósmico para producir el Gran Viaje, que supuestamente los llevará al mismo lugar en donde ellos creen que están los Forerunners a los que adoran. Además, los Covenants están convencidos de que los humanos son una raza diabólica que debe ser exterminada.
Será en esos anillos Halo obra de los idolatrados Forerunners donde se desarrolla esta particular odisea.
El protagonista de esta épica historia está también envuelto en una bruma de misterio. John Spartan 117 (más conocido como Jefe Maestro), es despertado de un sueño criogénico para ser consciente de que es el único superviviente del proyecto Spartan, un tinglado militar dedicado a crear soldados imparables y líderes natos. Será el 117 el que represente la esperanza humana ante los devastadores Covenants.

Halo 2

Halo 2 empieza con dos historias paralelas que enriquecen bastante la historia. Por una parte tenemos al Jefe Maestro recibiendo una medalla por los servicios prestados, sobre todo por haber logrado la destrucción del terrorífico planeta Halo en el anterior título. Por otra parte, tenemos el juicio de un Covenant de Élite. Como no podía ser de otra manera, es encontrado culpable y recibe un castigo físico y la responsabilidad de partir en misiones suicidas. Algo de provecho le tenían que sacar los humanos a eso de impartir justicia.
El Jefe Maestro es testigo de cómo los diferentes ejércitos de Covenant se van acercando a la tierra. Él debe detenerlos. Mientras, un Covenant Inquisidor comienza a perder la fe en sus míticas creencias, y la pierde definitivamente cuando se entrega el poder de decisión sobre la estrategia a seguir a los Brutes en lugar de a los Elites.
A pesar de estas divisiones internas, los Covenants intentan activar otro anillo, el Halo Delta, para destruir la Tierra. El Inquisidor termina por cambiar de bando y, junto con el Jefe Maestro, intenta detener el lanzamiento del nuevo Halo. Fracasan. Sólo Miranda Keys consigue salvar la Tierra de la destrucción parando la secuencia de lanzamiento. Esto impide la activación, pero no supone la destrucción del Halo Delta y del resto de anillos, que se quedan a la espera, apuntado a la Tierra y pudiéndose activar sólo desde El Arca.
Al final, una lucha titánica entre los humanos y El Pacto se desata en la Tierra. Proféticamente, el Jefe Maestro responde a su última orden de esta segunda parte con un "Señor, estoy terminando esta lucha".
Sólo después de los títulos de crédito podemos ver una escena entre el Dirigente de los Flood y Cortana en la que se deja entrever una intención de traición hacia el Jefe Maestro.

Halo 3

En la tercera parte tenemos a un Jefe Maestro intentando por todos los medios que El Pacto no se haga con el arca para que los anillos no les destruyan a todos, y con la sombra de la traición planeando sobre su desconocida cabeza (nadie sabe qué rostro tiene el Jefe Maestro…¿lo sabes tú?). ¿Lo conseguirá? Vive en tus carnes la batalla final y protagoniza el final de la aventuramás grande y espectacular jamás vista en una videoconsola.